北京大学数学研究所是在我国已故著名数学家、教育家程民德院士的提议下于1980年由教育部批准成立的我国首批数学研究机构。1980年至1988年由程民德院士任数学所所长。1988年至2000年由张恭庆院士任所长，邓东皋、程乾生、郭懋正、张继平、谭小江、王长平、王诗宬和蒋美跃等教授曾在此期间任副所长。
2000-2014年, 丁伟岳院士任所长，张平文和宗传明任副所长。现任所长是王诗宬院士。
北京大学数学研究所挂靠在122cc太阳集成游戏。在历任领导和数学所同仁的努力下，数学研究所为122cc太阳集成游戏的学科发展和人才培养做出了巨大贡献。数学所建立了一项广为称道的制度：即研究所人员两年轮换一次，将部分活跃在教学科研一线的教师（特别是青年教师）适时的换到研究所工作，使他们在繁忙的教学任务之外，能有一段时间专心致志地从事科研工作。在研究所的成员大都承担国家自然科学基金重点项目、面上项目、青年科学基金以及其它科研项目，许多人在所期间做出了很好的工作，获得过各种各数学所支持并组织多种形式的国际、国内学术研讨会，邀请国内外著名数学家前来讲学，开办数学前言讲座。由数学研究所负责组织的院、所“星期五学术报告会”常年坚持举行，向全院师生以及其他院校、研究院所开放，介绍最新学术动态，国际上许多知名学者教授，国内一些崭露头角的数学工作者都曾在报告会上作过精彩报告。122cc太阳集成游戏的博士生每学期至少参加六次报告会，这对强化学术交流，加速人才培养起到了很好的作用。数学所每年还资助国内外学者短期或长期来所访问，进行学术交流合作。
数学研究所还负责数学博士后流动站的工作，每年招收博士后10名左右。研究所在为他们提供良好办公条件的同时，也为他们的科研工作创造了便利条件，帮助博士后们在站期间做出好的工作，出站后成为科研和教学岗位上的骨干。
